An der Stelle der heutigen Pfarrkirche wurde im 13. Jahrhundert ein romanisches Gotteshaus bescheidenen Ausmaßes errichtet. Im Jahre 1267 wurde diese Kirche als Filialkirche erwähnt und 1295 zur Pfarrkirche erhoben.Um 1510 wurde an dieser Stelle ein Neubau begonnen. Es handelt sich um ein 34 Meter langes Langhaus mit einem dreijochigen Netzrippengewölbe. Der vorgestellte quadratische Westturm weist im Untergeschoss ein Kreuzrippengewölbe auf. Die Glockenstube stammt aus dem Jahre 1616. Das Westportal wurde 1871 erneuert. Abgetreppte Strebpfeiler erstrecken sich um den ganzen Bau.
Nach den Vorschlägen des Architekten Hans Pascher wurde die Kirche in den Jahren 1896/97 einer Regotisierung unterzogen. Eine Gesamtsanierung in den Jahren 1970/71 brachte größere Veränderungen, 1991 fand die letzte Renovierung statt. Aber auch unsere Zeit findet in unserer Pfarrkirche einen zeitgemäßen Ausdruck. 1998 wurden von Prof. Adolf Osterider zwei Fenster- Taufe und Auferstehung- und vom Bildhauer Fred Höfler ein Weihwasserkessel und ein Opferkerzenständer gestaltet. 2018/2019 wurde die Pfarrkirche außen saniert sowie der Kirchplatz mit Sitzstufen und Agapenbereich neu gestaltet.
Die Pfarrkirche gehört zu den wenigen erhaltenen gotischen Landkirchen unserer Region und zählt zum Typus der Westturmkirchen.Gumprechtsdorf war der ursprüngliche Name unserer Pfarre. Er wurde im Jahre 1295 erstmals urkundlich genannt und der "Mutterpfarre" St.Ruprecht a. d. R. zugeordnet. Nach einer Sage erbaten sich die Menschen der Pfarre Hilfe im Kampf gegen einen Lindwurm, der Mensch und Vieh bedrohte. Die Gumprechtsdorfer versprachen der hl. Margaretha von Antiochia, einer der 14 Nothelfer(innen), die Kirche ihrem Namen zu weihen und bereits 1406 taucht in schriftlichen Quellen der Ortsname St. Margarethen auf.
Seit dieser Zeit ist der Pfarrsprengel bis auf wenige Häuser gleich geblieben. St. Margarethen war ursprünglich eine rein landwirtschaftlich dominierte Gemeinde mit der Notwendigkeit, zu Arbeitsstätten nach Gleisdorf bzw. Graz zu pendeln. Derzeit kann in unserem Ort eine rege Bautätigkeit beobachtet werden, auch führt die vermehrte Ansiedelung von verschiedenen Gewerbe- und Industriebetrieben zu einem regen Zuzug in unsere Gemeinde. Derzeit leben rund 3300 Katholiken in unserer Pfarre.
Kirchenführungen: Martina Stix 0664/1100208 oder 03112/6289