Der 1977 in Gmunden geborene Oberösterreicher stammt aus einer klassischen Arbeiterfamilie und wuchs am Traunsee auf. Seine Naturverbundenheit brachte ihn in die Tischlerlehre, die ihn auch zum Orgelbau führte. Danach war er drei Jahre lang bei der Grenzgendarmerie tätig.
In seiner Heimatpfarre Altmünster war er als Organist, Firmgruppenleiter und auch als talentierter Handwerker stets gefragt, sein Noviziat bei den Lazaristen begann 2004 in Graz. Bernhard Pesendorfer legte auch einen Zwischenstopp am St. Georgs-Kolleg der Lazaristen in Istanbul ein. Dem schloss sich das Theologiestudium in Graz an, das er als Magister der Theologie beendete. 2011 legte er in der Lazaristengemeinschaft seine Gelübde ab.
Zum Pastoraljahr entsandte ihn seine Gemeinschaft nach Wien in die Caritas-Gemeinde, wo er sich um Kinder aus schwierigen Familiensituationen und Männer in problematischen Lebensumständen kümmerte. Am Hochfest Peter und Paul wurde er von Altbischof Johann Weber in der Provinzhauskirche in Graz zum Priester geweiht.
Drei Jahre lang hatte Pesendorfer die Position des Kaplans im Pfarrverband Graz-Christkönig, Graz-Hl. Schutzengel inne. Pesendorfer ist seit 2015 Superior des Lazaristenhauses Graz-Mariengasse sowie Provinzökonom der österreichisch/deutschen Provinz. Bis Herbst 2023 war er als Kinder- und Jugendseelsorger sowie Aushilfsseelsorger der Diözese Graz-Seckau tätig.